Certaines applis ne sont pas encore compatibles avec JB, c'est certainement le cas de l'appli camera ICS que je n'utilise pas.
Pour ton interrogation sur le risque de brick avec un factory reset depuis CWM : Les kernels CM9 et CM10 ne comportent aucun risque ! Par contre, évidemment tu effaces la partition /data de ton Note...
Par ailleurs, une grande partie des kernels utiles sont dispo ici : http://forum.xda-developers.com/showthread.php?t=1789397
Enfin, le fait de connecter le Note à un PC présente un certain nombre de problèmes depuis JB. Personnellement, je n'ai même plus d'accès aux mémoires internes et externes depuis Ubuntu lorsque je suis branché en USB (heureusement, il y des solutions wifi comme airdroid ou autre).
Donc ton problème de mémoire dispo erronée depuis le PC doit venir de là.
Les points de montage :
En temps normal, tu accèdes à ta carte sd interne par le chemin /mnt/sdcard
et à ta carte sd externe par /mnt/extSdCard (ou /mnt/emmc avec la PA ICS)
Avec la PA v0.5 tu pouvais inverser les points de montage de ces cartes (le chemin d'accès si tu préfères) depuis les paramètres système. Avec PA JB, on a perdu cette option, mais il suffit de bidouiller un fichier pour obtenir le même résultat.